En el 2015, luego de haberlo denunciado públicamente por golpes, la exesposa de César Acuña, Rosa Núñez, no habló más del tema, y el 30 noviembre de ese año firmó una minuta donde el entonces candidato presidencial le cedía gratis todas las acciones de la Universidad Señor de Sipán.
Ministerio Público lo investiga por presunta falsificación de documentos.
Sin embargo, no contó con que se le pretendía atribuirle una deuda millonaria con un trámite hecho días después.
Esto ha derivado en un pedido de investigación preliminar por parte del fiscal Víctor Pinillos, ante el Poder Judicial de La Libertad, por delito contra la fe pública, falsificación de documentos privados en modalidad de uso, y delito contra la administración de justicia fraude procesal, porque el documento nuevo fue ingresado en el Octavo Juzgado especializado derivado en lo civil de Trujillo.
El 7 de enero de 2016 se registró la cesión de acciones, pero cinco días antes, Acuña y Raquel Godoy Centeno (representante de directorio y gerente general, respectivamente por Señor de Sipán) y el mismo Acuña con Ernesto Ullóa Jesús (representante de directorio y gerente general, respectivamente por la Universidad César Vallejo) habían firmado una deuda por cuatro terrenos valorizados en 33 millones de soles, en beneficio de la UCV por S/ 1.2 millones.
Una pericia contable realizada el 31 de enero del 2015, a pedido de Núñez, detectó esto, con lo cual la afectada acudió al Ministerio Público.
Si bien ella desistió de la denuncia, el fiscal Pinillos detectó además que Acuña había pretendido usar un documento presuntamente falsificado para lograr cobrar millones por el “regalo” a su expareja.
